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第一階段：印度文明的支配。從印度輸入的印度教和佛教文化，主導了早期馬來西亞的歷史。從7世紀到14世紀，在蘇門答臘的三佛齊文明達到高峰，其影響力延伸至蘇門答臘、爪哇、馬來半島和婆羅洲的大部分地區。
第二階段：伊斯蘭文明的興盛。伊斯蘭教早在10世紀傳至馬來西亞，但直到14世紀和15世紀，三佛齊覆滅後不久，伊斯蘭教才在馬來半島奠定根基。這個地區分裂成眾多以伊斯蘭教為主的蘇丹國，其中最突出的是馬六甲蘇丹王朝。伊斯蘭文化對於馬來人產生了深遠影響，但是同時它也受到馬來民族的影響。
第三階段：歐洲殖民勢力的入侵。葡萄牙是歐洲第一個在馬來西亞建立勢力的殖民強權，於1511年佔領馬六甲，緊接着是荷蘭。然而，英國先在亞庇、古晉、檳城與新加坡建立基地，最終取得在當今馬來西亞領土上的霸權。1824年英荷條約規定了英屬馬來亞和荷屬東印度群島（即後來的印度尼西亞）之間的界線。
第四階段：新移民的到來。殖民者為了滿足經濟的需要，大量引入華人和印度人的勞動者，以滿足在馬來半島和婆羅洲所產生的殖民地經濟需求，[1]間接對馬來民族的經濟和職業上的支配勢力造成威脅。
1942年至1945年日本佔領這個地區，給英國在東亞的勢力與以致命打擊。雖然日本佔領的時期相當短，但是它激起了馬來亞和其它地區的反殖民民族主義。馬來人民族主義又激起了華人的反對。華人懼怕馬來人和伊斯蘭教的支配地位，許多華人因此參加馬來亞共產黨。在英國軍方的強烈鎮壓，以及馬來人和華人政治領袖的協商退讓下，共產黨暴動被撲滅，1957年多民族的馬來亞聯合邦宣告獨立。
1963年 8月31日，英屬的新加坡和北婆羅洲、砂拉越宣告獨立，並於9月16日參組馬來西亞。1965年華人占多數的新加坡被迫獨立（因為當時的馬來精英懼怕新加坡的華人人口會削弱馬來人占多數的人口比例）。馬來西亞克服了這個危機，也克服了印度尼西亞-馬來西亞衝突的危機，但其內部的矛盾導致了1969年的種族衝突。馬來西亞進入緊急狀態，政治生活和國民自由受到限制，這個措施維持至今。從1970年開始，馬來西亞全國巫人統一機構在華人和印度人領袖的協助下組成國民陣線，在馬來西亞幾乎達到一黨制的地步。
在巫統的統治下，馬來西亞經濟快速發展，1990年代幾乎達到發達國家的水平。經濟的發展有助於削弱政治上的不和，但也掩蓋了政治上權利轉向馬來人的趨勢。在巫統長期連貫的統治下，華人對經濟的壟斷和印度人對職業的壟斷，皆被巫人有系統地以行政權力打破。馬來人建立了商業和職業階層。馬來語成為學校必修語言，有系統的反歧視運動也對馬來人有利。雖然這些措施也導致了許多不滿，但是總的來說在這些偏向單方面的措施下，一個只對某種族更有利的、一步一步邁向同化的社會產生了。